El Cantón El Pangui tuvo sus raíces en la gran tribu del pueblo Shuar, quienes habitaban la región donde hoy se encuentra la ciudad. El nombre "Pangui" proviene del término Shuar "PANKI," que significa boa o lugar de las boas, en referencia a los reptiles que habitaban en las aguas del río Zamora.

En 1990, los habitantes de El Pangui solicitaron formalmente al Congreso Nacional que la parroquia fuera elevada a la categoría de cantón, marcando un momento decisivo en su historia política.

El 14 de febrero de 1991, el Presidente Rodrigo Borja emitió el Decreto Constitucional que reconoció oficialmente a El Pangui como cantón de la provincia de Zamora Chinchipe, consolidando su autonomía administrativa.